برامج معالجة الصور العلمية

عندما يحصل أحد على صورة فإنه يهتم بعرضها وتعديلها وتحسين الخصائص اللونية في الصورة كالتباين. وهذا تقوم فيه مجموعة كبيرة جدا من البرامج. غير أن الباحثين عندما يحصلون على صورة فإنهم يهتمون أيضا ببعض الأمور الأخرى كالأحجام للأشياء الموجودة في الصورة والإرتفاعات من خلال التباين اللوني.العديد من البرامج تستخدم في تظهير البيانات ومعالجتها للصور العلمية كالصور من المجاهر الماسحة. هذه البرامج تستخدم تحرير وتصحيح الصور والمعالجة اللونية بالإضافة إلى التحليل الإحصائي للبيانات المستخرجة من الصور و تحليل الحبيبات والتكتلات الحبيبية وتحويلات فورير وذلك لدراسة الترددات الطيفية في بيانات المجهر الماسح. البرامج توفر قياسات علمية في لأشياء في الصور كالأبعاد والحجوم والإستضاءة ونحوها للتكتلات والأشكال، إضافة إلى خصائص أخرى كثيرة .

• إميج جي ImagJ تحت رخصة مشاعة  وله العديد من التفريعات ومطور ابتداءا من المعاهد الوطنية للصحة NIHالأمريكية. المطور الرئيسي للبرنامج وين راسباند  Wayne Rasband عمل ل40 سنة في كمطور برامج في معاهد الصحة الوطنية وتقاعد 2010 لكنه استمر يدير موقع البرنامج. البرنامج قائم على جافا لذا فهو يعمل على جميع المنصات كالويندوز والماك واللينيكس. البرنامج مشهور في تحليل الصور الحيوية وفيه قائمة ضخمة من الفلاتر والماكرو والإضافات متاحة من مجتمع التصو ير من جميع انحاء العالم. هذه القائمة الكبرى من الإضافات تمكن الباحث من التعامل مع بكفاءة مع الصور واستخراج مايرغب منها.  إن إي أتش أيمج NIH Image برنامج معد للماك وهو الملهم لكثير من البرامج التي أتت بعده. الشكل التوضيحي في الأسفل يبين التاريخ لهذه البرامج ومجموعة من البرنامج المرتبطة بـ إيمج جي.

رابط البرنامج : rsb.info.nih.gov/ij/index.html و مستندات أخرى للبرنامج يمكن أن توجد هنا على :  imagejdocu.tudor.lu/

• إيميج إس إكس إم ImageSXM نسخة من إيمج جي معدة لتحميل وعرض وتحليل صور المجاهر الماسحة.

الرابط للبرنامج هنا www.liv.ac.uk/~sdb/ImageSXM/

• إيمج جي 2 ImageJ2 نسجة جديدة من إيمج جي 1 يدعم بيانات الصور العلمية متعددة الأبعاد Multidimensional Image Data

رابط البرنامج imagej.net/ImageJ2

• فيجي FIJI : يتضمن إميج جي1 ImagJ1 و إيمج جي 2 ImageJ2 لكن بنسخة منسقة وتحديثات آلية مع مجموعة من الإضافات المختبرة و توثيق جيد.  رابطه هنا : fiji.sc/Fiji

شكل يوضح التسلسل التاريخي للبرامج المتفرعة من إيمج جي والبرامج المرتبطه به. المصدر : http://fiji.sc/ImageJ

البرامج السابق هي برامج تحتوي برنامج إيمج جي مع بعض الإضافات والتحسينات إذا كنت مختصا علميا ربما ترغب بقراءة هذه الورقة

 Schindelin, J.; Rueden, C. T. & Hiner, M. C. et al. (2015), "The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis", Molecular Reproduction and Development, PMID26153368

البرامج اللاحقة هي برامج مستقلة عن إيمج جي وهي :

• سيل بروفيلر CellProfiler برنامج مفتوح المصدر لمعالجة عدد كبير من الصور دفعة واحدة موجه للصور الحيوية رابطه www.cellprofiler.org/

• جوديون Gwyddion : برنامج  مفتوح المصدر لمعالجة واظهار وتحليل صور المجاهر  المجسية الماسحة مثل مجهر القوة الماسح AFM وغيره كـ  ( MFM, STM, SNOM/NSOM) . هذا البرنامج لإظهار ومعالجة الصور ولقياس الإرتفاعات في الصورة. يدعم العديد من عمليات المعالجة وصيغ الصور . يمكنك ايضا من دراسة تأثير المجس على العينة من خلال متابعة الأنماط على الصور وبعد معرفة خصائص المجس. رابطه gwyddion.net

• أيسي Icy : برنامج مفتوح المصدر من معهد باستور برز لقابليته العالية للاستخدم وجمالية واجهة البرنامج يمكنك أن تستخدم إميج جي ImagJ مضمنا مع هذا البرنامج. وفية الكثير من الإضافات التي يمكن أن تلحق به .  رابط البرنامج :icy.bioimageanalysis.org/index.php

نشير إلى أن بعض هذه البرامج تحتوي إضافات تمكن المستخدم من ربطها بماتلاب Matlab ومجموعة من البرامج الأخرى.كما ن ماتلاب على سبيل المثال يحتوي صناديق أدوات مضافة يمكن أن تستخدم في معالجة الصور لكن ليس بنفس سهولة وتخصيص البرامج السابقة.